Mặc dù loài vẫn còn phổ biến, phân vùng sinh sống của loài đã sụt giảm.[1] Trong vòng 25 năm, vùng sinh sống của lửng Nhật Bản đã sụt giảm còn 29 phần trăm diện tích Nhật Bản vào năm 2003.[1] Sự gia tăng đất trồng nông nghiệp cũng như cạnh tranh của loài gấu mèo là những mối đe dọa. Săn bắt lửng không phạm pháp nhưng đã ít đi đáng kể từ những năm 1970.[1]

Vào năm 2017, mối lo ngại được đề ra khi việc diệt lửng hàng loạt bùng nổ. Do phần thưởng của chính quyền địa phương cũng như món thịt lửng ngày càng nổi tiếng ở các nhà hàng, người ta lo sợ rằng việc diệt lửng sẽ đi quá mức bền vững.[8][9]